Die Schwierigkeiten der Zusammenarbeit beider Fächer liegen nicht allein in unterschiedlichen Unterrichtskonzeptionen begründet. Es gibt auch institutionelle Probleme. Ein erstes ist der Lehrereinsatz. Wenn an einer Schulform zwei Fächer, z. B. Geschichte und Politik, integriert sind und die eingesetzten Lehrer für beide Fächer die Fakultas haben, bedeutet dies zugleich, dass diese Lehrer Ein Fach Lehrer sind und für kein weiteres Fach mehr eingesetzt werden können.
Die Einrichtung von Integrationsfächern an der Schule wirft schwer zu lösende Probleme für die Fächerkombinationen bereits beim Hochschulstudium auf. Die Fächer an den Universitäten, in unserem Fall die Geschichte einerseits und die Sozialwissenschaften andererseits, sind gewachsene Einheiten mit fest umrissenem Selbstverständnis, das sich im wesentlichen aus den eigenen Forschungsaufgaben und Leistungen speist. Was in anderen Fächern oder gar an den Schulen vorgeht, [/S. 634:]wird meist nur am Rande zur Kenntnis genommen. Ferner muss man bedenken, dass die Sozialwissenschaften an den Hochschulen selbst wieder aus mehreren Einzelfächern bestehen und dass z. B. die Wirtschaftslehre meist zu einem anderen Fachbereich oder einer anderen Fakultät gehört. Aus diesem Grunde ist es ungewöhnlich schwierig, verschiedene Hochschulfächer zu einer funktionierenden integrativen Zusammenarbeit zu bringen, deren Notwendigkeit ja aus der Sicht der Hochschule zudem noch "von außen" kommt.
Über die Zusammenarbeit von Geschichtsunterricht und Politikunterricht wird auf drei institutionellen Ebenen entschieden: auf der Ebene des Kultusministers, der die Grundsatzentscheidung trifft, auf der Ebene der schulformspezifischen Richtlinien und schließlich auf der Ebene der Fachkonferenzen der einzelnen Schulen (Anstaltslehrplan). Einige Bundesländer sind dabei, den Schulen einen größeren Raum für autonome Entscheidungen über Schulprogramme, d. h. auch über Lehrplan und Fächerzusammenarbeit, zuzubilligen. Das könnte, wenn die Lehrer entsprechend motiviert sind, zu verbesserten Formen der Zusammenarbeit auch von Geschichte und Politik führen. Vor allem könnte innerhalb der Schule selbst eine bessere Kontrolle über das stattfinden, was im Unterricht wirklich gemacht wird. Freilich bleibt hinzuzufügen, dass die einzige nicht institutionalisierte Größe, die Individualität des Lehrers, entscheidend bleibt, und das kann im ungünstigen Fall eben auch bedeuten, dass er sich Neuerungen gegenüber verschließt.
Die ideale Form der Zusammenarbeit gibt es nicht. Am ehesten bieten sich in der gegenwärtigen Flaute der Didaktik kleine als große Lösungen an, d. h. Zusammenarbeit auf regionaler oder schulformspezifischer Basis mit möglichst genauer Abstimmung darüber, welche Aufgaben und Inhalte die beiden Fächer jeweils übernehmen sollen.